สถาบันที่เก่าแก่ที่สุดของมหาวิทยาลัยซานตงคือ Cheeloo University ก่อตั้งโดยหน่วยงานเผยแพร่ศาสนาของอเมริกาและอังกฤษในช่วงปลายศตวรรษที่ 19 (ในชื่อวิทยาลัยศิลปศาสตร์ Tengchow ใน Penglai) Tengchow College เป็นสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษาสมัยใหม่แห่งแรกในประเทศจีน มหาวิทยาลัยซานตงเกิดขึ้นอย่างเป็นทางการจากวันก่อตั้งมหาวิทยาลัยอิมพีเรียลชานตงซึ่งก่อตั้งขึ้นในเมืองจี่หนานในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2444 ในฐานะมหาวิทยาลัยแห่งชาติสมัยใหม่แห่งที่สองในประเทศ

      มหาวิทยาลัยซานตงมีวิทยาเขตทั้งหมด 8 แห่ง โดยทั้งหมดยกเว้น 2 แห่งที่ตั้งอยู่ในเมืองจี่หนาน ซึ่งเป็นเมืองหลวงของมณฑล วิทยาเขตใหม่ล่าสุดตั้งอยู่ทางตะวันออกเฉียงเหนือของเมืองท่าชิงเต่า